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FAQ COVID-19

Retrouvez ci-dessous les réponses de nos experts biologistes à vos questions sur le COVID-19.
Cette page sera régulièrement mise à jour.

Dernière mise à jour : 10 août 2020

Pour vous accompagner et limiter vos appels à notre secrétariat médical infectiologie, fortement sollicité dans la situation actuelle, nous répondons aux principales questions que vous vous posez.

Retrouvez en un clic la thématique qui vous intéresse :


RT-PCR

Pré-analytique

Quelles précautions sur la fermeture du tube ?

Pour vous assurer de la bonne fermeture des tubes avant leur mise en sachets, voici quelques précautions à prendre :

  • le vissage doit être complet ; un simple clipsage n’est pas suffisant
  • le bouchon doit être aligné sur le pas de vis
  • l’écouvillon ne doit pas être trop haut dans le tube sinon il empêche un vissage complet

Il appartient au préleveur de vérifier la bonne fermeture du tube avant sa mise en sachet.

Quel est le protocole pour crachat/expectoration ?

Il n’y a pas de protocole particulier, il s’agit d’un recueil classique de crachat après un effort de toux.

Pouvez vous me confirmer que le recueil d’un crachat (+/- salivaire) ou expectoration ont la même efficacité diagnostique qu’un écouvillonnage naso-pharyngé qui peut parfois être difficile à réaliser en auto-prélèvement ?

Voici les recommandations du CDC (USA) et de la SFM (France) :

CDC (Centers for Disease Control and Prevention) – Type de prélèvement et priorité[1]

Pour les tests de diagnostic initial de COVID-19, le CDC recommande, par ordre de qualité de type de prélèvement :

  • Prélèvement et test sur écouvillon naso-pharyngé (NP) des voies respiratoires supérieures.
  • Le prélèvement d’écouvillons oro-pharyngés (OP) est une priorité moindre et, s’il est prélevé, il doit être inséré dans le même tube que l’écouvillon naso-pharyngé (NP).
  • Le prélèvement d’expectorations ne doit être effectué que pour les patients présentant une toux productive.

L’expectoration provoquée n’est pas recommandée.


SFM – Gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect ou confirmé de COVID-19 Version 3
[2]
Les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants :
• Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes par écouvillonnage naso-pharyngé (écouvillons M4RT Remel / Virocult® ou aspirations),
• Un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d’atteinte parenchymateuse,

Le recueil doit être réalisé après un effort de toux.

Peut-on mettre un « surtube » certifié 95Pa à la place du sachet 95kPa en cas de rupture ?

OUI, cela est possible.

Quand on a des milieux M4RT mais pas de sachets 95KPa, cela entraîne-t-il une non-conformité si on envoie un sachet non 95 KPa ?

OUI cela entraîne une non-conformité car c’est une obligation mais surtout une protection du personnel qui va manipuler le tube. Le sachet 95kPa est un élément du triple emballage, il est donc obligatoire.

Y-a-t-il une alternative au 95kPa ?

OU, il est tout a fait possible d’utiliser un sur-tube.

Je n’ai pas de milieu de transport recommandé M4RT-remel. Puis-je utiliser un autre milieu ?

Concernant les milieux de transport pour le Covid-19, tous les milieux que nous recevons n’ont pas été validés par nos soins et nous en acceptons certains en procédure dégradée : il faut en priorité privilégier absolument les milieux destinés au transport de virus et à la PCR/biologie moléculaire pour éviter la présence de substances inhibitrices dans certains milieux, avec le risque de ne pas pouvoir rendre de réponse. De plus, la sensibilité de la PCR peut être affectée par le changement de milieux.

Note d’information – Milieux de transport & Triples emballages possibles

Liste MLT acceptés  

  • UTM-RT
  • Sigma VCM liquide Amies
  • Transwab
  • Deltaswab virus
  • E-Swab
  • Delatswab amies
  • Xpert Viral Transport Medium
  • UVT -Beckton Dickinson
  • Sérum physiologique uniquement pour les écouvillons naso-pharyngés. (Note d’information)
  • Kang Jian Virus preservation medium
  • NEST Solution for swab sample collection, transportation and storage

Les gels, milieux charbon, les écouvillons- mousse et les écouvillons secs ne doivent pas être utilisés.

L’e-Swab est-il accepté ?

OUI l’e-Swab (Milieu AMIES) est accepté en cas de rupture du milieu M4RT.

Je n’ai pas kit de prélèvement dédié à la recherche du coronavirus. Que dois je faire ?

Notre recommandation est d’utiliser les sachets adaptés triple emballage avec un sachet 95kPa. Il est donc souhaitable d’attendre de recevoir les kits adaptés.

Néanmoins, en cas de rupture de kit, notre secrétariat acceptera le prélèvement dans un sachet zippé avec absorbant, placé dans un second sachet zippé avec absorbant, le tout placé dans le sachet violet d’envoi pour le site de Lyon (quadruple emballage).

Réglementation sur la technique du pooling

La crise sanitaire provoquée par le COVID-19 et la pénurie de réactifs et de consommables pour réaliser la RT-PCR a amené les chercheurs du monde entier à réfléchir à des solutions alternatives. Parmi celles-ci le « pooling » est une pratique qui consiste à tester simultanément plusieurs échantillons et en cas de positivité du pool à reprendre individuellement l’ensemble des échantillons de ce pool testé positif et cela afin de limiter la consommation de réactifs.
Parmi les pays qui pratiquent le pooling nous trouvons l’Allemagne et plus récemment les USA. C’est à ce titre que Eurofins Viracor dans le Missouri a mis à profit ce procédé selon les recommandations définies par la FDA.

En revanche le laboratoire Eurofins Biomnis n’a jamais utilisé le pooling car cette pratique n’est pas autorisée en France. Chaque test de RT-PCR est traité et analysé individuellement selon un processus parfaitement maîtrisé et conforme aux exigences des autorités de santé et de la norme ISO 15189.

Sachez que notre exigence de laboratoire d’expertise était de répondre aux attentes de nos correspondants dans le respect des bonnes pratiques qui sont celles en vigueur en France.

Logistique

Peut-on augmenter la quantité de kits adressés par commande ?

NON, cela n’est pas possible. La quantité maximale est de 10 kits par commande.

Les kits commandés hier ne sont pas arrivés, quel est le délai prévu ?

Votre commande a été prise en compte et vous sera acheminée dans les meilleurs délais pouvant entraîner un décalage moyen de 5 jours. Dans le contexte actuel, de pandémie du Coronavirus et de confinement, nous sommes impactés également par l’organisation de nos sous-traitants (transporteur, conditionnement…).

Résultats de l’examen

Pourquoi est-ce que ma demande de diagnostic de coronavirus par biologie moléculaire apparaît en non-conformité sur Biomnis Connect ?

La gestion de cette analyse nécessite la réception des renseignements cliniques et l’identification du contexte de remboursement ou non de la demande. Cette gestion génère une anomalie dans Biomnis Connect comme toutes les PCR infectieuses à la NABM.

Dans combien de temps aurais-je mes résultats d’une demande de diagnostic de coronavirus par biologie moléculaire ?

Normalement, le délai de réponse est de 24h à réception du prélèvement sur notre site de Lyon (utilisation obligatoire du sachet violet).
Néanmoins, selon le volume des demandes reçues chaque jour, ce délai pourrait être allongé.

[1] https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/guidelines-clinical-specimens.html
[2] https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/03/Fiche-COVID19_V3_SFM.pdf

Demande de test en urgence : comment procéder ?

Une procédure d’urgence est mise en place pour les dossiers les plus urgents pour motifs médicaux, comme le prévoit le protocole actuel.

Cette procédure de mise en urgence nécessite l’envoi d’un mail en amont de la collecte de vos prélèvements, afin de sélectionner les tubes lors de leur arrivée en saisie. Ce mail doit comporter la demande de mise en urgence avec le motif médical pour chaque patient, ainsi que les éléments suivants :

  1. Votre code correspondant
  2. Le(s) numéro(s) de sachet(s) + le nom du patient ainsi qu’une marque visible sur le sachet pour aider les personnes du tri à identifier le sachet : une étiquette de couleur, un surligneur ou marqueur de couleur vive indiquant « Urgent »
  3. Le motif de l’urgence pour chaque sachet

Les critères médicaux d’urgence sont les suivants :

  • Patients présentant des signes de gravité (détresse respiratoire, fièvre élevée),
  • Patients présentant des facteurs de risque de forme grave,
  • Entourage de patients à risque de forme grave,
  • Hospitalisation programmée (avec la date d’hospitalisation) ou non programmée,
  • Patients symptomatiques.

Cet email sera à envoyer à :

covidurgent@eurofins-biomnis.com


Sérologie

Qu’est-ce que le test d’anticorps ?

Il s’agit de la sérologie qui permet de détecter la présence d’anticorps anti -SARS-CoV -2.

Que signifie la présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 ?

La présence d’anticorps permet de déterminer si une personne a produit des anticorps en réponse à une infection par le virus : cela traduit une réponse immunitaire contre le virus.

La détection d’anticorps signe donc une infection passée ou en cours.

Quand apparaissent les anticorps au cours de l’infection ?

Les anticorps sont détectables en moyenne après le 5e jour de l’infection, mais parfois seulement après le 30e jour, notamment pour les formes les moins symptomatiques. La rapidité d’apparition des anticorps semble dépendante des formes cliniques.

Les IgM apparaissent en premier, comme pour toutes les sérologies infectieuses, suivies rapidement par les IgG (2 à 3 jours plus tard).

Il est actuellement admis que la détection d’IgM et /ou d’IgG est optimale chez tous les patients à partir de J15.

Que signifie la détection des anticorps IgG/IgM contre le SARS-CoV-2 pour un patient ?

Face à la pénétration d’un virus ou tout agent infectieux dans notre organisme, un des moyens de défense est la mise en route de notre système immunitaire dans les tissus lymphoïdes, surtout les ganglions et la rate par l’action des lymphocytes T qui vont avoir une action directe sur les agents infectieux (c’est l’immunité cellulaire) et par l’action des lymphocytes B qui vont assurer la production d’anticorps (c’est l’immunité humorale). Ces anticorps, ou immunoglobulines, servent à détecter et combattre les éléments étrangers pénétrant dans l’organisme. Les anticorps sont classés en fonction de leur activité biologique :

  • les IgM sont les premiers anticorps exprimés au cours de la réponse immunitaire primaire et agissent comme récepteurs à la surface des lymphocytes B puis vont disparaître en quelques semaines ;
  • les IgG apparaissent ensuite et participent à la réponse immunitaire secondaire dans la défense contre l’agent pathogène, circulent abondamment dans le sang et persistent longtemps dans l’organisme et sont en général protectrices contre une nouvelle infection.
La sérologie permet-elle le diagnostic de l’infection à un stade précoce ?

Non : au début des signes cliniques, la sérologie est encore négative à la différence de la RT-PCR. Il ne faut donc pas faire une sérologie dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection COVID-19.

La présence d’anticorps permet-elle de savoir si je suis contagieux ?

Non : il est estimé que le risque de transmission (contagiosité) est maximal juste avant et au début des symptômes. L’apparition des anticorps ne s’accompagne pas d’une baisse de la charge virale. Il n’a pas été établi de corrélation entre production des anticorps et présence du virus infectieux.

La présence d’anticorps signifie-t-elle que je suis protégé d’une nouvelle infection par le SARS-CoV-2 ?

Il n’est pas encore établi de façon formelle que les anticorps détectés confèrent une protection durable contre le SARS-CoV-2.

Quelles sont les indications recommandées par la Haute Autorité de Santé des tests sérologiques ?

Elles sont au nombre de 7 selon les recommandations de l’HAS du 1er mai 2020 : cela s’applique aux tests automatisables et non aux tests rapides (autotests)

Présentation cliniquePopulation cibleFinalité du testCirconstances de réalisation
Patients symptomatiques avec signes de gravitéPatients hospitalisésDiagnostic initialTableau clinique ou scanner évocateur de COVID-19 et RT-PCR négative
Diagnostic de rattrapageTableau clinique ou scanner évocateur de COVID-19 et pas de RT-PCR réalisée avant J7
Patients symptomatiques sans signe de gravitéAmbulatoire (ville, structure d’hébergement)Diagnostic initialTableau clinique évocateur de COVID-19 et RT-PCR négative
Diagnostic de rattrapageTableau clinique évocateur de COVID-19 et pas de RT-PCR réalisée avant J7
Diagnostic différéConfirmation à distance de l’infection COVID-19 chez des patients uniquement diagnostiqués cliniquement, à partir du 2/03/2020)
Personnels asymptomatiquesProfessionnels soignantsSanté publiqueEn complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR, si la RT-PCR est négative
Personnels d’hébergement collectifSanté publiqueEn complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR, si la RT-PCR est négative
Les tests permettant d’affirmer la présence d’anticorps dits neutralisants donc protecteurs seront-ils faits en routine ?

Non : leur utilisation à large échelle est impossible en raison de la lourdeur des techniques mises en œuvre.

Que signifie clairement un test sérologique à une sensibilité de 90% ?

Cela signifie que l’on détecte des anticorps anti-SARS-CoV-2 chez 90 % des sujets qui ont été infectés et que 10 % des personnes infectées ont un test négatif.

Que signifie clairement un test sérologique a une spécificité de 98% » ?

Cela signifie que 98% des sujets non infectés ont un test négatif et que 2 % de sujets non infectés présentent une sérologie positive.

Le test de sérologie est-il remboursé ?

Recherche d’IgG et d’IgM ou d’Ig totaux par tests automatisables de type ELISA

Cette recherche peut être réalisée dans les indications suivantes :

  • Diagnostic initial de patients symptomatiques graves hospitalisés, si tableau clinique ou scano-graphique évocateur et RT-PCR négative,
  • Diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques graves hospitalisés mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR dans l’intervalle des sept jours suivant l’apparition des symptômes,
  • Diagnostic initial de patients symptomatiques sans signe de gravité suivis en ville si tableau clinique évocateur et test RT-PCR négatif,
  • Diagnostic de rattrapage chez des patients symptomatiques avec suspicion clinique sans signe de gravité mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR dans l’intervalle des sept jours suivant l’apparition des symptômes,
  • Diagnostic chez les professionnels soignants non symptomatiques, en complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR selon les recommandations en vigueur, si la RT-PCR est négative,
  • Diagnostic chez les personnels d’hébergement collectif (établissements sociaux et médico sociaux, prisons, casernes, résidences universitaires, internats) non symptomatiques en complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR selon les recommandations en vigueur, si la RT-PCR est négative.

Recherche d’IgG par tests automatisables de type ELISA

Cette recherche peut être réalisée dans l’indication suivante :

  • Diagnostic étiologique à distance chez des patients symptomatiques sans signe de gravité diagnostiquée cliniquement mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-PCR.

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