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Décembre 2013 Les mutations du gène CFTR affectent les poumons, le tractus digestif, les glandes sudoripares ou le pancréas et l’appareil reproducteur chez les hommes. Plus de 1800 mutations du gène CFTR ont été répertoriées. Il existe une grande hétérogénéité génétique et clinique de la maladie, en fonction de la nature de la mutation du gène CFTR et de l’origine ethnique des patients.
Les mutations du gène CFTR peuvent être recherchées par différentes technologies. Les trousses de diagnostic commercialisées permettent la détection des mutations les plus fréquentes (entre 20 et 36 mutations selon la trousse utilisée), couvrant environ 80 % des mutations responsables de mucoviscidose. Le séquençage de Sanger permet le criblage de la totalité de la séquence codante du gène CFTR et offre une meilleure détection de l’ensemble des mutations de ce gène. La technologie demeure, cependant, lourde et onéreuse.
Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS : MiSeq, Illumina) permettent une analyse plus sensible, rapide et à moindre coût, de la totalité du gène CFTR, en comparaison aux techniques de référence telles que le séquençage de Sanger.
Au laboratoire Biomnis, une étude pilote a été réalisée sur 70 échantillons de patients et 7 échantillons de contrôles externes de qualité. Cette étude, utilisant la trousse Nextera XT® (Illumina), a permis, après une PCR multiplex de 32 amplicons, l’analyse simultanée des régions 5’ et 3’UTRs, des 27 exons CFTR et des régions introniques impliquées dans l’épissage alternatif du gène CFTR [jonctions introniques flanquantes des 27 exons et mutations de l’intron 19 (3849+10kbC>T) et de l’intron 11 (1811+1.6kbA>G)]. Le nombre total de mutations actuellement identifiées dans le gène CFTR est de 1818. Le nombre total de mutations recouvertes par le kit OLA® (Abbott) dans ce gène est de 32 ; le nombre total de mutations recouvertes par la technologie NGS dans le gène CFTR est de 1707.
L’analyse des performances (reproductibilité, répétabilité, robustesse et de sensibilité) a montré la validité de la technologie NGS. Tous les résultats ont été comparés et ré-analysés par séquençage de Sanger : aucune discordance n’a été observée entre la technologie NGS et la méthodologie de référence. L’approche NGS est en mesure d’identifier tous les types de mutations, y compris des variants polymorphes, avec un taux de couverture des mutations du gène CFTR de 98 %. Cette technologie sensible, spécifique et moins coûteuse est mieux adaptée au diagnostic de la mucoviscidose. Elle devrait être facilement adoptée par les laboratoires de diagnostic moléculaire.
