L’exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle

La déficience intellectuelle est un enjeu de santé publique majeur. Cette pathologie touche 1 à 2% de la population, soit environ 1 million de personnes en France et son origine est génétique dans un cas sur deux.

Les maladies d’origine génétique regroupent des pathologies hétérogènes cliniquement, pour lesquelles la cause est une ou des variations au niveau des exons.

Dans plus de 50% des cas de ces maladies, aucun diagnostic ne peut être établi avec des approches clinico-biologiques classiques.

Nous savons aujourd’hui que le génome humain contient environ 20 000 gènes  (200 000 exons), qui représentent environ 1 % de la totalité du génome. Ces exons concerneraient environ 85 % des mutations causant des maladies d’origine génétique.

Au laboratoire Eurofins Biomnis, l’équipe   multidisciplinaire en charge de l’exome dans un contexte médicale de routine étudie grâce à la technique NGS environ 99% de tous les gènes médicalement pertinents d’un patient en une seule analyse.

A l’issue du processus analytique et bioinformatique, l’interprétation biologique porte en moyenne sur 20 000 variations et permet d’identifier l’anomalie génétique causale dans 23 à 35% des cas dans le cadre de la déficience intellectuelle, là où la stratégie conventionnelle ne permet de détecter la variation que dans 10 à 15% des cas.

Les mutations ponctuelles,  insertions, délétions, inversions et certains réarrangements peuvent potentiellement être mise en évidence avec l’étude de l’exome médical.

L’identification de la mutation causale introduit une considérable avancée dans la prise en charge de la déficience intellectuelle. Non seulement elle permet de faire reculer le nombre de patients sans diagnostic mais elle offre aux médecins un nouvel outil fiable et précis de décisions thérapeutiques, afin d’adapter l’accompagnement et le suivi du patient de façon spécifique, voire de proposer un traitement ciblé et individualisé dans certains cas.

Pour de nombreuses familles, le séquençage de l’exome met fin à l’errance diagnostique, et permet de proposer, au cours d’une consultation de conseil génétique, un diagnostic prénatal.

Outre la déficience intellectuelle, Eurofins Biomnis est en mesure de proposer l’exome médical en France comme à l’international pour d’autres pathologies : autisme, épilepsie, troubles neurodéveloppementaux, cardiomyopathies, maladies métaboliques, …

Pour réaliser cette analyse, il est nécessaire de nous faire parvenir 2 tubes EDTA de 5ml, à température ambiante, sous un délai de 4 jours maximum à compter de la date de prélèvement.

L’interprétation médicale de cette analyse est basée sur l’état actuel des connaissances, mais, avec l’évolution des données, une réinterprétation de ce résultat sera possible en cas de demande par le médecin prescripteur.

En cas de détection d’une mutation pouvant expliquer l‘indication, une  confirmation sera réalisée par une technique complémentaire, le séquençage sanger. Dans cette situation, le délai de rendu du résultat sera repoussé.

Compte tenu de la complexité de l’interprétation, nous recommandons une analyse en trio, d’est à dire, l’analyse simultanée du cas index avec celui de chacun des parents. Aussi, dans certains cas, d’autres membres de la famille pourront être demandés afin d’établir un résultat clair.

Le coût de l’exome médical, dont le rendu du résultat est de 6 semaines pour un résultat négatif et un délai allongé en cas de vérification(s) réalisée(s), est disponible sur demande.

Dans un avenir proche, le taux de diagnostic des pathologies d’origine génétique sera encore amélioré avec le développement du séquençage du génome entier…