Le 15 mars dernier, le ministère des Solidarités et de la Santé a adressé aux professionnels de santé une information
relative à la conduite à tenir vis-à-vis d’un nouveau variant dérivé du clade 20C, détecté pour la première fois en
Bretagne.
Ce nouveau Variant Under Investigation (VUI), porteur de 9 mutations dans la région codant la protéine S (spike)
et dans d’autres régions virales, a fait l’objet d’un DGS-Urgent (1) définissant la conduite à tenir incluant, dans des
annexes (2, 3, 4), une définition particulière des cas probables et possibles, ainsi que la stratégie diagnostique devant
l’un de ces cas et les modalités pratiques de traitement des prélèvements à adresser au CNR des Virus des infections
respiratoires.

Le 17 mars 2021, la Société Française de Microbiologie a apporté quelques précisions quant à ces communications
(5). En effet, plusieurs des cas associés à ce variant avaient initialement été décrits comme difficiles à détecter par
les tests RT-PCR actuellement utilisés et de fait, souvent évoqués par une discordance entre des signes cliniques
évocateurs de la Covid-19 avec un scanner positif et une RT-PCR réalisée sur prélèvement naso-pharyngé, faiblement
positive ou négative.

Or, il s’avère que la non-détection de cette souche par les tests RT-PCR couramment utilisés ne s’expliquerait pas
par les mutations identifiées dans la région codant la protéine S du génome viral, mais par un tropisme particulier
de ce variant. En effet, il a été montré qu’il se multipliait préférentiellement au niveau de l’oropharynx et des voies
respiratoires basses et qu’il était parfaitement détecté dans des prélèvements respiratoires profonds de type expectoration induite, liquide de lavage broncho-alvéolaire ou aspiration trachéale, par les tests habituels. Ce tropisme
pulmonaire préférentiel lui conférerait une transmissibilité moindre.

Ainsi, il est actuellement recommandé, uniquement pour les laboratoires des Centres hospitaliers, d’envoyer pour
séquençage, un prélèvement profond de patients ayant un syndrome clinique et un scanner évocateurs de la
Covid-19 associés à une RT-PCR négative.Selon Santé Publique France, ce VUI dérivé du clade 20C ne fait pas actuellement partie des « variants d’intérêt » (pas de criblage systématique requis à ce jour).

Détection antigénique rapide du SARS-COV-2 sur prélèvement nasal

Le 16 mars dernier, la Haute autorité de santé a rendu un avis sur l’usage des tests de détection antigénique rapides
(TDR, TROD et autotests) du SARS-CoV-2, sur prélèvement nasal. Dans cet avis sont notamment précisées les
indications de ces tests, les performances requises et les modalités de prélèvement (cf. tableau).

Tout TDR/TROD ou autotest antigénique positif doit être confirmé par un test RT-PCR, permettant également de
caractériser le variant en présence et un isolement de 10 jours doit être instauré ;
En cas de test négatif, il convient de rappeler l’importance des gestes barrières, qui ne doivent en aucun cas être
abandonnés.
Les tests antigéniques utilisables sur prélèvement nasal sont actuellement dans l’attente d’une validation, d’une autorisation d’utilisation par le Ministère des Solidarités et de la Santé et d’une inscription à la Nomenclature des Actes
de Biologie Médicale.

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Bibliographie

Conduite à tenir vis-à-vis du VUI SARS-CoV-2 dérivé du clade 20C

1. dgs-urgent_32_cat_vui_derive_clade20c.pdf
2. https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/annexe_1_-_covid-19_definition_de_cas_-_lannion-2.pdf
3. https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/annexe_2_-_fiche_strategie_diagnostic_population_lannion_cnr-2.pdf
4. https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/annexe_3_ _strategie_diagnostic_recherche_active_milieu_hospitalier_lannion_cnr.pdf
5. https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2021/03/SFM-Communique-Variant-Lannion_17032021.pdf

Détection antigénique rapide du SARS-COV-2 sur prélèvement nasal

6 https://www.has-sante.fr/jcms/p_3243463/fr/covid-19-quelle-place-pour-les-tests-antigeniques-nasaux-dans-la-strategiede-depistage