Code Eurofins Biomnis

MYSLA

Intérêt Clinique

Le panel NGS "LAM" consiste en une analyse de 41 gènes : ASXL1/BCOR/BCORL1/BRAF/CALR/CBL/CEBPA/CSF3R/DNMT3A/ETNK1/ETV6/EZH2/FLT3/GATA2/GNB1/HRAS/IDH1/IDH2/JAK2/KIT/KMT/A-MLL/KRAS/MPL/NF1/NPM1/NRAS/PHF6/PPM1D/PRPF8/PTPN11/RUNX1/SETBP1/SF3B1/SRSF2 /STAG2/TET2/TP53/UBA1/U2AF1/WT1/ZRSR2.
Il présente un triple intérêt diagnostique, pronostique et théranostique et doit impérativement être associé à une étude cytogénétique pour classer une LAM et en définir son pronostic.

Deux classifications existent pour poser le diagnostic d'une LAM avec des données mutationnelles : la classification OMS 2022 et la classification ICC/ELN 2022.

- OMS 2022 : le statut mutationnel de NPM1 et CEBPA permet de définir 2 entités de «LAM associée à une mutation somatique»
Rq : pour CEBPA, les notions de mutations bialléliques (quel que soit le type de mutations) ou d'une mutation monoallélique du domaine bZIP sont retenues.

- ICC/ELN 2022 : le statut mutationnel de NPM1, CEBPA et TP53 permet de définir 3 entités de «LAM associée à un mutation somatique»
Rq : pour CEBPA, il s'agit exclusivement d'une mutation du domaine bZIP (monoallélique ou biallélique).

Pour les deux classifications, dans le cadre des «LAM définies par une anomalie génétique», 10% de blastes sont suffisants (et non plus 20%) pour poser le diagnostic de LAM (exception : pour l'OMS 2022 :20% pour CEBPA et BCR::ABL1 et quel que soit le pourcentage de blastes pour NPM1 - pour l'ICC/ ELN 2022 : 20% pour TP53 et BCR::ABL1).

Pour l'entité «LAM avec anomalies associées aux myélodysplasies», en complément de la recherche d'anomalies cytogénétiques définies, la recherche de mutations dans les 8 gènes suivants doit être réalisée selon l'OMS 2022 : ASXL1, BCOR, EZH2, STAG2, SF3B1, SRSF2, U2AF1 et ZRSR2. L'ICC/ELN 2022 inclut également un 9ème gène : RUNX1.

Le panel NGS "LAM" apporte également une aide pronostique (recommandations ICC/ELN 2022) en permettant de définir des facteurs moléculaires de pronostic favorable, intermédiaire ou défavorable :

Favorable :
- mutation NMP1 sans mutation FLT3-ITD
- mutation monoallélique ou biallélique du domaine bZIP de CEBPA.
Intermédiaire :
- mutation FLT3-ITD (quel que soit le ratio) avec ou sans mutation NPM1
Défavorable :
- mutation TP53 (VAF minimale de 10%), fréquemment associée à un caryotype complexe.
- mutations ASXL1, BCOR, EZH2, RUNX1, SF3B1, SRSF2, STAG2, U2AF1 ou ZRSR2. Ces marqueurs moléculaires ne doivent pas être considérés comme de pronostic défavorable s'ils sont associés à une anomalie cytogénétique ou moléculaire du groupe favorable de la classification ELN 2022.
Rq : le calcul du ratio FLT3-ITD/FLT3wt n'est plus utilisé.

A visée théranostique, la recherche de mutation FLT3 conditionne déjà un traitement ciblé. Les mutations IDH1, IDH2 ou TP53 peuvent également représenter des cibles thérapeutiques.

Pré-analytique

• 2 mL Moelle sur tube EDTA ou 2x5 mL Sang total EDTA (si infiltration blastique en périphérie) ou ADN extrait : (200ng d'ADN au minimum)
• T° ambiante

Informations complémentaires

• Joindre :
  - les résultats de la dernière NFS/Plaquettes
  - le résultat du myélogramme
  - le résultat de l'immunophénotypage
• Prélever du Lundi au Vendredi
• Réfrigérer l'échantillon si transport > 48H
• Utiliser le bon de demande spécifique B8 : Biologie des Hémopathies

Matériel spécifique disponible

S9L : Enveloppes pour caryotypes LYON jaunes

Documents à télécharger

• Bon de demande spécifique B8-INTFR
• Fiche panel (DS68-INTFR-LAM)

Technique

Recherche de mutations sur un panel de gènes ciblés par technique de séquençage haut-débit (SHD). Préparation de la librairie : Library Preparation. Enzymatic Fragmentation Kit 2.0 Twist (Enrichissement par capture, Séquençage : NovaSeq Illumina (2x150pb) - Séquençage paired-end, Analyse bioinformatique : Demultiplexage BCLconvert V3.10.5 / VarSome Pipeline version 11.8 (CE-IVD))

Délai

10 jours ( 1 semaine supplémentaire si vérification nécessaire par Sanger)

Légende