Code Eurofins Biomnis

MYSMD

Spécialité

Génétique

Intérêt Clinique

Le panel NGS "SMD" consiste en une analyse de 41 gènes : ASXL1/BCOR/BCORL1/BRAF/CALR/CBL/CEBPA/CSF3R/DNMT3A/ETNK1/ETV6/EZH2/FLT3/GATA2/GNB1/HRAS/IDH1/IDH2/JAK2/KIT/KMT2A-MLL/KRAS/MPL/NF1/NPM1/NRAS/PHF6/PPM1D/PRPF8/PTPN11/RUNX1/SETBP1/SF3B1/SRSF2/STAG2/TET2/TP53/UBA1/U2AF1/WT1/ZRSR2.Il présente un triple intérêt diagnostique, pronostique et théranostique et doit être associé à une étude cytogénétique médullaire.L'intérêt pronostique est prédominant car il permet de calculer le score moléculaire IPSS-M.Ce score est calculé à partir de données clinico-biologiques : âge du patient, données de la NFS-plaquettes (taux d'hémoglobine, numération des PNN et numération plaquettaire) et pourcentage de blastes médullaires. Il intègre également le score cytogénétique IPSS-R et la présence ou non de mutations dans deux groupes de gènes : un premier groupe de 16 gènes dits « principaux » : TP53, KMT2A-MLL, FLT3 ASXL1, CBL, DNMT3A, ETV6, EZH2, IDH2, KRAS, NPM1, NRAS, RUNX1, SF3B1, SRSF2, U2AF1 et un second groupe de 15 gènes dits «secondaires» : BCOR, BCORL1, CEBPA, ETNK1, GATA2, GNB1, IDH1, NF1, PHF6, PPM1D, PRPF8, PTPN11, SETBP1, STAG2 et WT1. Ce score permet de classer un patient en risque «très faible», «faible», «modérément faible», «modérément élevé», «élevé» et «très élevé». Ce score permet donc de guider la stratégie thérapeutique. A noter également l'impact négatif d'une mutation TP53 dans le cadre d'un syndrome 5q- traité par lénalidomide (facteur de résistance au traitement).Sur un plan diagnostique, la recherche des mutations TP53 et SF3B1 permet de définir 2 nouvelles entités OMS et ICC 2022 :- «SMD avec faible taux de blastes et mutation SF3B1». La présence d'une mutation SF3B1 est associée à un pronostic favorable dans les SMD. L'absence de mutation TP53 ou RUNX1 doit être vérifiée pour définir cette entité.- «SMD avec mutation TP53» de pronostic péjoratif. Cette entité est établie à partir de 2 mutations TP53 (VAF>ou =10%) OU une mutation TP53 associée à (1) une délétion del(17p) démontrée par cytogénétique (2) une VAF > 50%, (3) une LOH au niveau du locus TP53.Ce panel SMD permet également une aide diagnostique en cas de suspicion de SMD sans cytologie médullaire évocatrice (myélogramme sans signe de dysmyélopoïèse) et sans présence d'anomalie clonale en cytogénétique évocatrice d'un SMD, si une ou plusieurs mutations rapportées dans les SMD sont observées. La notion de CHIP (hématopoïèse clonale de signification indéterminée liée à l'âge) devra alors impérativement être discutée.L'impact théranostique peut être également abordé avec ce panel (cibles thérapeutiques IDH1,IDH2, FLT3, TP53...).Enfin, le panel NGS SMD propose également l'analyse mutationnelle du gène UBA1 associé au syndrome VEXAS (Vacuoles, E1 enzyme, X-linked, Autoinflammatory, Somatic) dans lequel des syndromes myélodysplasiques sont rapportés.

Pré-analytique

•  :
• 5 mL Sang total EDTA ou 2 mL de Moelle sur EDTA ou ADN extrait : (200ng d'ADN au minimum)
•   T° ambiante

• Aliquot spécifique pour cette analyse :  : Non

Informations complémentaires

Prélever du Lundi au Vendredi
Réfrigérer l'échantillon si transport > 48H
Utiliser le bon de demande spécifique B8 : Biologie des Hémopathies
Joindre :
- les résultats de la dernière NFS/Plaquettes
- le résultat du myélogramme

Documents à télécharger

• Bon de demande spécifique B8-INTFR
• Fiche panel (DS72-INTFR-SMD)
• Informations destinées aux professionnels de santé (DS2-INTFR)

Technique

Recherche de mutations sur un panel de gènes ciblés par technique de séquençage haut-débit (SHD). Préparation de la librairie : Library Preparation. Enzymatic Fragmentation Kit 2.0 Twist (Enrichissement par capture, Séquençage : NovaSeq Illumina (2x150pb) - Séquençage paired-end, Analyse bioinformatique : Demultiplexage BCLconvert V3.10.5 / VarSome Pipeline version 11.8 (CE-IVD))

Délai

10 jours ( 1 semaine supplémentaire si vérification nécessaire par Sanger)

Légende