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Le 7 juin 2021
COVID-19
Modification de la stratégie de criblage des variants du SARS-CoV-2 : prise en compte des variants dits « indiens »
Dans le cadre de la surveillance de l’évolution de la circulation des variants du SARS-CoV-2 sur notre territoire, permettant une intervention précoce et renforcée des cas ayant un impact clinique ou épidémiologique potentiel, le Conseil scientifique COVID-19 a émis le 24 mai dernier, une note d’éclairage sur les variants B.1.617 dits « indiens »(1).
Compte tenu de l’apparition de ces nouveaux variants préoccupants (VOC Variants of concern) et de l’évolution de la circulation de l’ensemble des variants en France, le Ministère des Solidarités et de la Santé a publié un bulletin MINSANTE n°2021-72 le 26 mai 2021 faisant état d’une nouvelle stratégie de criblage des tests positifs pour la recherche de mutations d’intérêt du SARS-CoV-2(2).
Les variants « indiens » : trois situations différentes
- Le lignage B.1.617.2 (mutations L452R et T478K ; absence de la mutation E484Q, contrairement à ce qui avait été dit initialement) est le plus prévalent en Europe et en France (86 % des cas) parmi les trois sous-lignages. Il possède un avantage en termes de transmissibilité, dont le niveau reste à préciser.
- Le lignage B.1.617.1 (mutations L452R et E484K), détecté en Europe et en France, mais moins fréquemment que le lignage B.1.617.2, est associé à un risque d’échappement immunitaire.
- Le lignage B.1.617.3 (mutations L452R et E484K) a très peu diffusé en Europe (7 cas au 24 mai 2021, tous en Grande-Bretagne).
Ces trois variants sont correctement détectés par les tests PCR et les tests antigéniques actuellement autorisés en France(3).
Précisions sur la notion de variants et leurs conséquences
« Un variant est un lignage génétique qui présente une variation antigénique entrainant un échappement immunitaire significatif, pouvant induire une recirculation massive du virus malgré une immunité collective significative (>70 à 80%) » (1).
Ainsi, il convient de distinguer les virus porteurs de mutations, qui correspondent à une situation fréquente, des « variants » de type VOC ayant bien des mutations, mais également des conséquences épidémiologiques.
Actuellement les conséquences connues sont :
- pour la mutation N501Y, présente dans les variants dits « anglais » UK, « sud-Africain » SA et « brésilien » BR : une augmentation de transmissibilité. L’association des mutations L452R et T478K (variant « indien » sous lignage B.1.617.2) confère également un avantage en termes de transmissibilité, comme indiqué ci-dessus ;
- pour les modifications observées en position 484, présentes dans les variants SA, BR et indiens B.1.617.1 et 3 : un échappement immunitaire partiel, nécessitant une surveillance particulière.
Concernant l’efficacité vaccinale, il semble qu’elle soit maintenue contre le variant B.1.617.2 après deux doses de vaccins Astra-Zeneca (60 %) ou de Pfizer (88 %), mais pas après une dose (33 % pour chacun des vaccins) (données observées au Royaume Uni)(1).
On estime qu’environ 25 % de la population française a été infectée par la souche historique du SARS-CoV-2 ou le variant « anglais », mais nous ne savons pas si l’infection ancienne protège contre le lignage « indien » B.1.617.2.
Variants préoccupants et variants d’intérêt circulant actuellement sur le territoire français
* dans la région RBD : Receptor binding domain
** Au 18 mai 2021. Autres lignages circulants : 14 % avec une augmentation progressive des variants dérivés du variant UK, avec une mutation additionnelle en 484.
Recherche des mutations d’intérêt du SARS-CoV-2 en cas de test positif
Compte tenu de ces éléments, les mutations à rechercher en cas de test PCR ou antigénique positif sont, depuis le 31 mai 2021 (exigence à partir du 14 juin 2021), les mutations E484K, E484Q et L452R, en s’assurant qu’il n’y a pas de diminution de sensibilité du test utilisé. La recherche de la mutation N501Y n’est plus recommandée.
La liste des tests de criblage autorisés est disponible sur le site https://covid19.sante.gouv.fr/tests
Un nouveau guide SI-DEP V1.2 a été adapté pour coder la présence des mutations (et non plus les variants ») ; son codage devrait être évolutif en fonction des mutations à renseigner.
