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COVID-19 : Place des prélèvements salivaires, oropharyngés et des tests antigéniques


Actuellement, la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé reste la technique de référence pour le diagnostic de COVID-19.
Depuis le 18 septembre 2020, les prélèvements salivaires pour RT-PCR COVID-19 sont recommandés par la HAS (1) et ont été inscrits à la NABM (2) depuis le 29 septembre 2020, dans certaines indications (cf. Tableau). La sensibilité de la RT-PCR est inférieure dans la salive à celle obtenue à partir d’un prélèvement naso-pharyngé, mais acceptable, uniquement chez les patients symptomatiques. Les prélèvements oropharyngés sont désormais également recommandés et inscrits à la NABM depuis le 16 octobre 2020, dans des indications précises (7)(8). Les modalités des prélèvements salivaires et oropharyngés ont été définies par la Société Française de Microbiologie (SFM)(3).
Enfin, les tests antigéniques sont recommandés par la HAS depuis le 24 septembre 2020(4). Les situations cliniques convenant à leur utilisation ont été définies dans l’arrêté du 16 octobre 2020(7) ; ils sont également inscrits à la NABM(9), sous certaines conditions(7) : utilisation de tests validés(10), réalisés par un médecin, un pharmacien ou un infirmier, dans les indications précisées et sous réserve d’avoir respecté certaines conditions de réalisation (traitement des données administratives via le SI-DEP, résultats rendus en moins de 30 minutes). L’arrêté du 26 octobre 2020 vise à promouvoir leur utilisation et précise les conditions de facturation et de prise en charge de la réalisation de ces examens ; les tests antigéniques sont désormais disponibles dans les pharmacies d’officine et délivrés gratuitement aux médecins et infirmiers sur présentation d’un justificatif de la qualité du professionnel(11).

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Bibliographie

  1. Avis n° 2020.047/AC/SEAP du 18 septembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire. https://www.has-sante.fr/jcms/p_3202317/fr/covid-19-les-tests-salivaires-peuvent-completer-les-tests-nasopharynges-chez-les-personnes-symptomatiques
  2. http://www.codage.ext.cnamts.fr/f_mediam/fo/nabm/DOC.pdf
  3. Avis du 25 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie (SFM) relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage Version 1 _ 25/09/2020
  4. HAS. Avis n°2020.0049/AC/SEAP du 24 septembre 2020 sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement oropharyngé.
    https://www.has-sante.fr/jcms/p_3203097/fr/covid-19-avis-favorable-au-prelevement- oropharynge-en-cas-de- contre-indication-au-nasopharynge
  5. HAS. Avis n° 2020.0050/AC/SEAP du 24 septembre 2020 relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection antigénique du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé. https://www.has-sante.fr/jcms/p_3203126/fr/avis-n-2020-0050/ac/seap-du-24-septembre-2020-du-college-de-la-haute-autorite-de-sante-relatif-a-l-inscription-sur-la-liste-des-actes-et-prestations-mentionnee-a-l-article-l-162-1-7-du-code-de-la-securite-sociale-de-la-detection-antigenique-du-virus-sars-cov-2-sur-prelevement-nasopharynge
  6. HAS. COVID-19 : la HAS positionne les tests antigéniques dans trois situations. Communiqué de presse mis en ligne le 9 octobre 2020.
    https://www.has-sante.fr/jcms/p_3212125/fr/covid-19-la-has-positionne-les-tests-antigeniques-dans-trois-situations
  7. Arrêté du 16 octobre 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures générales nécessaires pour faire face à l’épidémie de covid-19 dans les territoires sortis de l’état d’urgence sanitaire et dans ceux où il a été prorogé (Journal officiel du 17 octobre 2020 – texte 23)
  8. Arrêté du 16 octobre 2020 portant modification de la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (inscription de l’acte de prélèvement oropharyngé dans le cadre de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR) (Journal officiel du 17 octobre 2020 – texte 22)
  9. Arrêté du 16 octobre 2020 portant modification de la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (inscription de l’acte de test diagnostic rapide dans le cadre de la détection des antigènes du SARS-CoV-2) (Journal officiel du 17 octobre 2020 – texte 24)
  10. https://covid-19.sante.gouv.fr/tests
  11. Arrêté du 26 octobre 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures d’organisation et de fonctionnement du système de santé nécessaires pour faire face à l’épidémie de covid-19 dans le cadre de l’état d’urgence sanitaire (Journal officiel du 28 octobre 2020 – texte 21)