Le 7 février dernier, le Ministère des Solidarités et de la Santé a diffusé une fiche destinée aux laboratoires
de biologie médicale définissant la « Stratégie nationale de lutte contre l’émergence des variantes d’intérêt
du SARS-CoV-2″. Le même jour, la DGS adressait un document apportant des « précisions pour la
détection des variantes et le renforcement du contact-tracing, dans la stratégie de freinage de la propagation
des variantes du SARS-CoV-2″.

Ce qu’il faut retenir :

RT-PCR

• Tous les patients testés positifs par RT-PCR ou test antigénique doivent être contrôlés par une deuxième RT-PCR dite de criblage, visant à détecter les trois variantes d’intérêt à l’heure actuelle : 20I/501Y.V1 (anglaise), 20H/501Y. V2 (sud-Africaine) et 20J/501Y.V3 (brésilienne).
• Seuls les kits de RT-PCR de criblage ayant deux cibles dont au moins la mutation N501Y, commune aux trois variantes, et permettant de distinguer la variante 20I/501Y.V1, des variantes 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3, peuvent être utilisés. La liste des kits autorisés figure sur une liste publiée sur le site du Ministère de la santé. Les résultats de cette seconde RT-PCR doivent être rendus au maximum 36 h après le résultat de la RT-PCR initiale.
• Le résultat de la première RT-PCR doit être saisi et transmis dans SI-DEP dès que possible, sans attendre les résultats du test de criblage ; au retour des résultats de la RT-PCR de criblage, ceux-ci doivent être transmis par le laboratoire de première intention, dans le même dossier que celui de la PCR initiale (ou dans un nouveau dossier si le test initial était un test antigénique), qui doit donc faire l’objet d’une actualisation, pour que les données soient transmises dès que possible à SI-DEP (voir Guide « SI-DEP-variants »), ce qui conditionne la facturation de la 2e RT-PCR (1).
• Les résultats des RT-PCR doivent être transmis aux patients et aux correspondants médicaux par le laboratoire. En communiquant ces résultats, les biologistes doivent rappeler à tous les patients contaminés par le SARSCoV- 2, a fortiori s’il s’agit d’une variante d’intérêt, « l’importance de l’isolement et du strict respect des mesures barrières ». Ils peuvent également conseiller aux patients de s’inscrire sur « TousAntiCovid » et les inciter à prévenir tous leurs contacts éventuels.

Conduite à tenir pour les personnes contaminées par une variante d’intérêt et les cas contacts

• Chez les personnes contaminées par l’une des trois variantes d’intérêt : isolement précoce et bien respecté.
• Chez les personnes contaminées par une variante 20H/501Y.V2 (sud-Africaine) ou 20J/501Y.V3
  (brésilienne), la durée d’isolement est portée à 10 jours. Au-delà, en l’absence de fièvre depuis au moins 48 h, l’isolement peut être levé, après l’obtention d’un résultat de test négatif. Si le test à J10 est positif, l’isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.
• Les personnes contacts d’un patient contaminé par une variante 20H/501Y.V2 (sud-Africaine) ou 20J/501Y. V3 (brésilienne) doivent faire une RT-PCR à J0. Si cette première RT-PCR est positive, le test de criblage doit être réalisé immédiatement ; si elle est négative, il convient de respecter un isolement strict pendant 7 jours puis, de refaire une RT-PCR à J7. Ces personnes contacts doivent elles-mêmes prévenir les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur exposition au cas index. Les recommandations pour les « contacts de deuxième génération » sont les suivantes :
  • Renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes ;
  • Télétravailler dès lors que cela est possible ;
  • Réduire volontairement leurs contacts sociaux durant les 7 jours suivants ;
  • Réaliser un test sans délai dès les premiers symptômes. »
• Dans les établissements scolaires : fermeture de classe dès qu’un enfant est contaminé par une variante
  20H/501Y.V2 (sud-Africaine) ou 20J/501Y.V3 (brésilienne) ou qu’il est cas-contact d’un parent ou membre de la fratrie contaminé par l’une de ces deux variantes.

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Pour en savoir plus

1 : Guide sur l’intégration des variants Covid-19 dans SI-DEP v.2.5.
Syndicat des Biologistes Newsletter du  10/02/2021