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Panels de gènes « Tumeurs solides »

Pictogramme horloge Benoit QUILICHINI Pictogramme horloge Octobre 2020

De nouveaux panels moléculaires à visée théranostique et/ou pronostique permettent d’analyser simultanément plusieurs gènes impliqués dans les tumeurs solides par NGS.

Dans le cadre des tumeurs solides, les techniques de cytogénétique (FISH) et de biologie moléculaire sont indispensables pour la prise en charge thérapeutique de certaines tumeurs solides – le terme de « test compagnon » d’une thérapie ciblée est alors utilisé. Depuis une dizaine d’années, ces tests moléculaires sont proposés au laboratoire Eurofins Biomnis sous un format de tests unitaires (ex : EGFR, KRAS, NRAS ou BRAF).

La prise en charge thérapeutique dans le domaine de l’oncologie solide est en plein essor et nécessite d’apporter au clinicien des informations de plus en plus précises et personnalisées : valeur pronostique d’une mutation, sensibilité ou résistance associée à une mutation pour une thérapie ciblée et pour un type de tumeur donné ou encore mise en évidence de mutations de résistance secondaires à un traitement ciblé.

La nouvelle offre globale en oncologie solide proposée par Eurofins Biomnis répond à cette demande et en particulier l’offre NGS – Tumeurs solides.

Le laboratoire propose désormais différents panels de gènes analysés par séquençage haut débit (NGS). Cette technique permet une caractérisation moléculaire des tumeurs en analysant simultanément plusieurs gènes (de 3 à 24) impliqués dans la carcinogenèse.

Ces panels sont dédiés par organe (ex : poumon, colon …) pour en faciliter leur prescription et des panels NGS élargis sont également disponibles pour analyser des marqueurs émergents de thérapies ciblées (anticorps monoclonaux et inhibiteurs de tyrosine kinase) ou des marqueurs moléculaires de résistance secondaires.

Des tests moléculaires complémentaires sont également proposés afin de compléter cette offre NGS : test MSI, test FISH ciblée …
Cette offre NGS Tumeurs solides se positionne dans la prolongation de l’offre NGS Hémopathies malignes proposée au laboratoire depuis Avril 2019 :

Organe / PathologiePanelCode analyseDélai
POUMONPanel POUMON 1 (4 gènes)
EGFR – BRAF – MET- KRAS
POUM1*10 jours
Panel POUMON 2 (19 gènes)
AKT1 – ALK – BRAF – DDR2 – EGFR – HER2 – FGFR1 – FGFR2 – FGFR3 – KIT – KRAS – MAP2K1 – MET – NRAS – PDGFRA – PIK3CA – PTEN – STK11 – TP53
POUM2*10 jours
COLO-RECTALPanel COLO-RECTAL 1 (3 gènes)
KRAS – NRAS – BRAF
COLO1*10 jours
Panel COLO-RECTAL 2 (21 gènes)
AKT1 – ALK – BRAF – CTNNB1 – EGFR – HER2 – FBXW7 – FGFR1 – FGFR2 – FGFR3 – KIT – KRAS – MAP2K1 – MET – NRAS – PDGFRA – PIK3CA – PTEN – SMAD4 – STK11 – TP53
COLO2*10 jours
GISTPanel GIST (3 gènes)
KIT – PDGFRA – BRAF
GIST*10 jours
MELANOMEPanel MELANOME (3 gènes)
BRAF- NRAS – KIT
MELA*10 jours
PAN ORGANEPanel PAN-ORGANE (24 gènes)
AKT1 – ALK – BRAF – CTNNB1 – DDR2 – EGFR – HER2 – HER4 – FBXW7 – FGFR1 – FGFR2 – FGFR3 – KIT – KRAS – MAP2K1- MET – NOTCH1 – NRAS – PDGFRA – PIK3CA – PTEN – SMAD4 – STK11 – TP53
PAN*10 jours

* ces liens seront fonctionnels à partir du 1er novembre

Ces techniques moléculaires sont interprétées par un biologiste en étroite collaboration avec des médecins anatomo-pathologistes.

Les panels de gènes cités précédemment sont réalisés à partir d’ADN extrait de tissu tumoral. Il est rappelé que la qualité d’interprétation de ces tests dépend directement des conditions pré-analytiques de l’échantillon (temps d’ischémie, type de fixateur et durée de fixation), des réactifs utilisés et de la robustesse de la technique de biologie moléculaire choisie.


En savoir plus

Référence

WHO Classification of Tumours – Books catalog – IARC Lyon


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