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Mars 2017 L’approche par syndrome clinique permet à partir d’une symptomatologie, de rechercher en un seul temps les principaux agents microbiens responsables. Cette approche permet d’éviter les successions de sérologies, recherches d’antigènes urinaires, cultures bactériennes et /ou virales et PCR unitaires ciblées “en cascade” s’étendant parfois sur plusieurs semaines.
Les panels de PCR permettent, par ce diagnostic en un temps et selon le microorganisme retrouvé, une désescalade thérapeutique, voire l’arrêt des antibiotiques et de cibler le microorganisme responsable. De plus, comme les PCR unitaires, ces panels peuvent être réalisés même si le patient est déjà sous antibiotiques et permettent la recherche de microorganismes peu ou pas cultivables ainsi que des virus.
Deux indications principales du diagnostic syndromique sont représentées :
- d’une part, pour le panel respiratoire, les infections respiratoires ne cédant pas au traitement symptomatique mis en place ou sans amélioration sous antibiothérapie probabiliste, et dont le diagnostic étiologique représente un intérêt clinique et thérapeutique. Ce panel respiratoire est également indiqué dans les infections respiratoires d’aggravation et celles pour lesquelles aucune étiologie n’a été retrouvée lorsqu’il existe une certaine errance diagnostique.
- d’autre part pour le panel gastro-entérites, les infections gastro-intestinales de type diarrhées aigues chez un patient fragilisé (par exemple, nouveau-né), diarrhées aigues persistantes ou fébriles entrainant des signes systémiques ou nécessitant la mise en place d’un traitement antibiotique mais également diarrhées au retour de séjour en zones tropicales. Ce panel gastro-intestinal permet également le typage en 1 seul temps des E. coli impliqués dans les diarrhées (STEC, ETEC, EPEC …). La présence de parasites les plus couramment responsables de troubles digestifs est également retrouvée par ce panel.
Les principaux signes cliniques, natures de prélèvement utiles au diagnostic par panel et les pathogènes recherchés sont présentés dans les tableaux 1 et 2.
Panel | Nombre de pathogènes recherchés |
Syndromes cliniques |
Prélèvement |
RESPIRATOIRE |
20 | Pneumopathies Bronchites Toux persistantes Atteintes respiratoires dans les syndromes grippaux | Prélèvement rhinopharyngé Aspiration rhinopharyngée Expectorations Aspirations bronchiques Lavage bronchoalvéolaire |
| Panel respiratoire |
| Adenovirus |
| Coronavirus HKU1 |
| Coronavirus NL63 |
| Coronavirus 229E |
| Coronavirus OC43 |
| Metapneumovirus |
| Enterovirus/Rhinovirus |
| Virus de la grippe A |
| Virus de la grippe A/H1 |
| Virus de la grippe A/H1-2009 |
| Virus A-H3 |
| Virus de la grippe B |
| Virus parainfluenza 1 |
| Virus parainfluenza 2 |
| Virus parainfluenza 3 |
| Virus parainfluenza 4 |
| Virus respiratoire syncythial |
| Bordetalla pertussis |
| Chlamydophila pneumoniae |
| Mycoplasma pneumoniae |
Tableau 1: Indications, nature de prélèvements et pathogènes pour le panel respiratoire
Panel | Nombre de pathogènes recherchés |
Syndromes cliniques |
Prélèvement |
GASTRO-INTESTINAL |
22 | Diarrhées aigues Diarrhées du voyageur Toxi-infections alimentaires Gastroentérites | Selles |
Panel gastro-intestinal |
| Campylobacter jejuni, coli et upsaliensis |
| Clostridium difficile (toxine A/B) |
| Plesiomonas shigelloides |
| Salmonella sp. |
| Yersinia enterocolitica |
| Vibrio (parahaemolyticus, vulfinicus et cholerae) |
| Vibrio cholerae |
E . coli enteroaggregative (EAEC) E. coli entéropathogène (EPEC) E. coli entérotoxigénique (ETEC) lt/st E.coli producteur de shigatoxines (STEC) stx1/stx2 E.coli/ Shigella entéroinvasifs (EIEC) E.coli O157 |
| Cryptosporidium |
| Cyclospora cayetanensis |
| Entamoeba histolytica |
| Giardia, Lamblia |
| Adenovirus F 40/41 |
| Astrovirus |
| Norovirus GI/GII |
| Rotavirus A |
| Sapovirus (I, II, IV, V) |
Tableau 2 : Indications, nature de prélèvements et pathogènes pour le panel gastro-intestinal
Le diagnostic par syndrome ne se substitue pas aux PCR unitaires orientées par le contexte clinico-radiologique ou épidémiologique mais est plutôt à percevoir comme un outil diagnostic supplémentaire voire selon les cas d’un outil de screening. Il permet la prise en charge précoce et ciblée des patients avec à la clé un raccourcissement de la durée des soins ainsi qu’un gain de chance de guérison pour le patient.
Les panels, de sensibilité quasi-équivalente à celle des PCR unitaires, nécessitent dans l’idéal une collaboration multidisciplinaire pour l’interprétation. En effet, la possibilité de co-infections ou d’infections mixtes, les détections d’agents microbiens en position non pathogène (colonisations, contaminations, portage asymptomatique) ne peuvent être correctement interprétés sans renseignements cliniques. Il existe une fiche de renseignements cliniques permettant d’orienter l’interprétation.
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