Détection et identification d'ADN bactérien - PCR 16S par séquençage NGS

Code Eurofins Biomnis

PCRUN

Synonymes

ADN bacterien
ARN ribosomal 16S
Next Generation Sequencing
NGS
panbacterien
PCR universelle
16S rRNA

Spécialité

Infectiologie

Intérêt Clinique

La PCR 16S est une technique de biologie moléculaire qui permet, à partir d'un échantillon biologique, de détecter et d'identifier une (ou plusieurs) souche(s) bactérienne(s). La PCR 16S est dite « universelle » car elle cible une séquence génomique commune à toutes les bactéries : un gène codant pour l'ADN ribosomal 16S. La technique met en oeuvre une PCR 16S de détection, permettant l'amplification de ce gène et le séquençage du produit de PCR, par la technologie NGS (Next Generation Sequencing). Avec la technologie NGS, l'identification simultanée de plusieurs bactéries présentes dans un prélèvement biologique est possible. La PCR 16S peut être réalisée directement sur des prélèvements cliniques, provenant de sites normalement stériles (liquides de ponctions, valves cardiaques, biopsie d'organes...) mais aussi sur des souches bactériennes isolées. Cette technique est particulièrement indiquée pour l'identification des bactéries à croissance lente et difficilement ou non cultivables. Elle est également indiquée dans les situations pour lesquelles les patients auraient préalablement été traités par une antibiothérapie avant la réalisation du prélèvement. En raison de la sensibilité des techniques de PCR universelle, un résultat négatif de PCR 16S ne permet pas d'exclure l'infection de manière formelle. Par ailleurs, la sensibilité d'une PCR spécifique est supérieure à une PCR universelle. En cas de forte présomption clinique d'infection par une espèce ou un genre bactérien précis, la recherche ciblée par une PCR spécifique est donc à privilégier en première intention. La prescription de cet examen doit être accompagnée du contexte clinique et thérapeutique du patient (bon de demande B18).

Pré-analytique

0.5 mL (pour les prélèvements liquides, flacon stérile) :
Liquides de ponction (liquide articulaire, liquide d'ascite, liquide péricardique, liquide pleural), prélèvements ostéo-articulaires, valve cardiaque, prélèvements oculaires profonds (humeur aqueuse, humeur vitrée), biopsie, LCR, souche bactérienne
Réfrigéré

Aliquot spécifique pour cette analyse : : Oui

Informations complémentaires

Délai d'acheminement :
4h à température ambiante (+15°C à +25°C) avant envoi
5 jours réfrigéré entre date de prélèvement et arrivée à notre laboratoire
1 mois congelé à -20°C entre date de prélèvement et arrivée à notre laboratoire
Utiliser IMPERATIVEMENT le sachet de transport violet S14
Pour les liquides biologiques type liquides de ponction, prélèvements ostéo-articulaires : privilégier un récipient étanche et stérile adapté au volume. Les broyats sont acceptés.
Pour les biopsies, ne pas ajouter de liquide dans le flacon stérile.
Les milieux de transport et les écouvillons ne sont pas acceptés.