La maladie est surtout prévalente aux Etats-Unis où 2358 cas ont été rapportés en 2017. Des cas sporadiques ont aussi été rapportés en Europe, en Asie, en Afrique, en Australie et en Amérique du Sud.
La babésiose est due à une infection par Babesia : B. microti (endémique en Amérique du Nord), B. duncani, B. divergens (plus fréquente en Europe) et B. venatorum. Les rongeurs constituent le réservoir naturel principal de la maladie. Les tiques se contaminent lorsqu’elles parasitent des rongeurs infectés et la babésiose est transmise à l’homme le plus souvent par la morsure d’une tique infectée, Ixodes scapularis (aux Etats-Unis) ou Ixodes ricinus (en Europe), entre le début de l’été et la fin de l’automne. Le parasite peut aussi être transmis à l’homme par transfusion sanguine ou, rarement, par voie transplacentaire.
Babesia parasite les hématies au sein desquels il prend une forme de poire, d’où l’intérêt des frottis sanguins examinés au microscope optique pour le diagnostic.