La transmission est interhumaine, souvent intrafamiliale, dans la petite enfance. Le mode de contamination est oro-fécal en cas de niveau socio-économique bas (absence de réseau d’eau potable correct ou contamination par les vomissements, les diarrhées) ou oro-oral / gastro-oral (par la salive essentiellement) dans les pays de haut niveau économique.
Les facteurs favorisants sont la vie en collectivité, la promiscuité, le partage de couverts, des aliments mastiqués donnés aux nourrissons ou une mauvaise hygiène des mains après avoir été aux toilettes.
L’infection à H. pylori est la 2e infection bactérienne chronique la plus répandue au monde (après la carie dentaire). H. pylori contamine 45 à 50 % de la population mondiale. En France, la prévalence globale de l’infection à H. pylori est comprise entre 15 et 30 % : elle est inférieure à 5 % chez l’enfant et supérieure à 50 % après 60 ans.
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