L’activité de l’α-galactosidase A peut être normale, du fait d’une inactivation préférentielle du chromosome X muté. De fait, le diagnostic s’appuie également sur un dosage du lyso-Gb3 plasmatique (parfois élevé), mais seule l’étude du gène GLA permet de confirmer la présence d’un variant pathogène de la maladie de Fabry. En effet, le lyso-Gb3 plasmatique peut être normal chez certaines femmes hétérozygotes. Le dosage du lyso-Gb3 urinaire est peu utilisé au diagnostic, mais peut être utile au suivi thérapeutique (il a tendance à se normaliser sous traitement).
Ainsi, pour le diagnostic chez les filles et les femmes, si l’activité α-galactosidase A est déficitaire et/ou le lyso-Gb3 plasmatique élevé et/ou en cas de forte suspicion clinique, un génotypage du gène GLA doit être réalisé.