Microbiote et microbiome
Un microbiote (synonyme : flore) est une notion écologique et taxonomique ; il est défini par l’ensemble des micro-organismes (ou espèces) vivant en un lieu donné, identifiés par culture ou techniques moléculaires.
Le microbiome est une notion issue du développement du séquençage à haut débit, qui est donc beaucoup plus large. Au sens strict, le microbiome d’un site donné correspond à l’ensemble des gènes codés par tous les micro-organismes qui s’y trouvent. Ainsi, l’étude du microbiome donne des informations, non seulement sur les espèces présentes, par exemple, dans le tube digestif et qui interagissent avec leur hôte, mais aussi sur l’ensemble des gènes et donc des fonctions codées par ces gènes. Ces fonctions jouent un rôle majeur en santé humaine.
L’approche la plus utilisée pour décrire un microbiome est de réaliser, dans un premier temps, une PCR du gène codant l’ARN ribosomal 16S, spécifique des eubactéries, puis de séquencer la banque d’amplicons obtenue.
Caractéristiques et composition
Le microbiote intestinal représente plus de 100 000 milliards de micro-organismes, soit 10 fois plus que le nombre de cellules humaines. Ce sont principalement des bactéries, mais des virus et des eucaryotes unicellulaires comme des levures ou des protozoaires y sont également présents. Au sein des bactéries, environ 1000 espèces sont dénombrées, se divisant en trois sous-catégories :
- la flore dominante, composée à 90 % de Firmicutes et de Bacteriodetes;
- la flore sous-dominante, pouvant comporter des espèces pathogènes dont la prolifération est limitée par la flore dominante ;
- une flore de passage, provenant de l’alimentation.
Ainsi, chaque personne possède un microbiote qui lui est propre, relativement stable au cours du temps, bien qu’il évolue légèrement avec l’avance en âge.
Si aucun profil « sain » n’a pu être défini, certaines données apparaissent aujourd’hui bien établies, comme l’importance de la richesse de la flore intestinale et de la diversification des espèces bactériennes, ainsi que l’impact négatif de la prolifération de certaines bactéries contribuant au déséquilibre de la flore ou dysbiose.
Disposer d’une diversité maximale des espèces bactériennes a un triple intérêt :
- optimiser le nombre des fonctions dont l’hôte peut disposer ;
- favoriser la résilience du microbiote intestinal, c’est-à-dire sa capacité à retrouver son état basal lorsqu’il est soumis à des « agressions » telles qu’une infection, une prise d’antibiotique ou des changements alimentaires ;
- empêcher le développement trop important d’un phylum et sa mainmise sur l’ensemble de l’écosystème, au détriment de l’hôte.
