Faisons connaissance avec le microbiote intestinal
Le microbiote intestinal représente plus de 100 000 milliards de micro-organismes, soit 10 fois plus que le nombre de cellules humaines. Ce sont principalement des bactéries, mais des virus et des eucaryotes unicellulaires comme des levures ou des protozoaires y sont également présents.
La définition et la composition du microbiote intestinal sont aujourd’hui bien établies : le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes (ou espèces) vivant en un lieu donné identifiés par culture ou techniques moléculaires. Le microbiome correspond à l’ensemble des gènes codés par tous les micro-organismes d’un site donné. Son analyse fournit en outre des informations sur les fonctions codées par ces gènes.
Les caractéristiques et la composition du microbiote intestinal varient d’un individu à l’autre, mais ses fonctions restent globalement semblables.
Rôle du microbiote intestinal
Le microbiote intestinal exerce principalement un rôle nutritionnel et métabolique, joue un rôle de barrière et un rôle dans l’immunité. Ces fonctions ne peuvent être assurées que si le microbiote est riche, avec une répartition équilibrée des espèces qui le composent, définissant l’eubiose. Mais cet équilibre est fragile et de nombreux facteurs peuvent affecter le microbiote intestinal, aboutissant à un état de dysbiose. Parmi ces facteurs, les plus importants sont l’alimentation et la prise d’antibiotiques.
Intérêt d'analyser le microbiote intestinal
Ainsi, l’analyse du microbiote intestinal suscite l’intérêt : disposer d’un état des lieux de l’équilibre de la flore intestinale et identifier une éventuelle dysbiose, ceci afin de mieux comprendre les liens avec différents symptômes ou pathologies. La principale méthode utilisée d’analyse du microbiote intestinal est le séquençage d’un gène ubiquitaire (16S) permettant l’identification simultanée de la majorité des bactéries présentes dans l’intestin à partir d’un échantillon de selles. Les résultats de ce séquençage sont ensuite analysés via un « algorithme » bio-informatique et retranscrits à travers un compte-rendu, pour comprendre l’impact de ces populations sur la santé.
Conséquences d'un déséquilibre du microbiote
De nombreuses études ont montré qu’un déséquilibre ou une altération du microbiote intestinal était associé à des pathologies digestives. En effet, le rôle-clé du microbiote intestinal dans l’Inflammaging, dénominateur commun de nombreuses maladies liées à l’âge, a été mis en évidence. Plusieurs études ont également retrouvé des liens entre un état de dysbiose et le syndrome de l’intestin irritable (SII), les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), les infections récidivantes à Clostridium difficile ou le cancer colorectal.
