La composition du microbiote intestinal repose à hauteur de 20 % environ sur des facteurs génétiques et à 80 % sur des facteurs environnementaux. Ces facteurs sont le régime alimentaire incluant la consommation d’alcool, le stress, le mode de vie, l’hygiène, la prise d’antibiotiques, la survenue d’infections bactériennes,…
L'alimentation
Les habitudes alimentaires jouent un rôle essentiel dans la modulation du microbiote intestinal. Une alimentation riche en carbohydrates fermentescibles participe à l’augmentation de la diversité bactérienne. A l’inverse, un régime riche en viandes induit une sécrétion biliaire importante, pouvant sélectionner des espèces résistantes et contribuer à diminuer la diversité. Une modification du régime alimentaire, même sur une courte durée, peut affecter le microbiote. Ces changements sont toutefois réversibles au retour à une alimentation habituelle.
La prise d'antibiotiques
Elle peut modifier de manière rapide et importante la composition et la diversité du microbiote intestinal. Généralement réversible, au moins partiellement, cette altération de l’équilibre du microbiote peut entraîner des troubles potentiellement plus graves chez l’enfant en bas âge.
En effet, une faible diversité, même transitoire, chez les enfants âgés de 1 semaine à 4 mois, est associée à diverses manifestations allergiques au cours de son développement. Ainsi, l’incidence de l’asthme chez les enfants de 7 ans est corrélée à une faible diversité du microbiote avant l’âge de 1 mois. D’où l’importance de la diversité microbienne dans les premières semaines de vie, pour le développement d’un système immunitaire performant.
