Bien que la composition du microbiote intestinal varie d’un individu à l’autre, ses fonctions restent globalement semblables.
Rôle nutritionnel et métabolique
Le microbiote intestinal dégrade les fibres alimentaires non digérées au niveau de l’intestin grêle. Il intervient dans le métabolisme des glucides (dégradation, fermentation), mais aussi des protéines, des lipides et des gaz ; de plus, il contribue à la production de métabolites bactériens, ainsi que des acides gras, des phénols ou des vitamines (K, B12, B8…). Enfin, il participe à la sensation de satiété.
Rôle de barrière
Une des fonctions essentielles du microbiote intestinal est son « effet barrière », qui prévient la prolifération de bactéries pathogènes. A l’état stable, l’équilibre des différentes populations permet le maintien de cet effet protecteur qui s’exerce par plusieurs mécanismes et interactions avec les différents composants de la barrière épithéliale intestinale.
Rôle dans l'immunité
Le microbiote intestinal se développe essentiellement au cours des deux premières années de vie et ce développement est crucial pour la maturation du système immunitaire au niveau local ou systémique, ainsi qu’à sa régulation tout au long de la vie.
En effet, la composition du microbiote intestinal, établie précocement, impacte ultérieurement la santé de l’hôte. Plusieurs études ont bien montré que certaines souches spécifiques, sélectionnées à partir d’un microbiote intestinal sain, présentent des effets anti-inflammatoires et anti-infectieux puissants, par le biais de divers mécanismes. Ceci ouvre des perspectives intéressantes pour le traitement de maladies liées à des altérations immunitaires
