La technique utilisée doit pouvoir détecter des mutations situées dans la région V de l’ARN ribosomal 23 S de M. genitalium, notamment les mutations les plus fréquentes : A2058G et A2059G. Les trousses commerciales validées par le Centre National de référence utilisent une technique de PCR en temps réel et détectent entre 4 et 6 mutations dans la région V de l’ARN ribosomal 23 S dont A2058G et A2059G.
En cas d’échec de traitement par macrolide d’une souche a priori sensible, une recherche de mutations de résistance aux fluroquinolones pourra être demandée au CNR.
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