Le diagnostic différentiel repose en grande partie sur la cytologie :
- autres polynucléoses neutrophiles avec myélémie : états infectieux ou inflammatoires sévères (polynucléose et myélémie moins marquées, pas de basophilie), syndromes paranéoplasiques avec hyperleucocytose (pas de myélémie, monocytose possible) ;
- autres NMP : 5 à 10% des cas de LMC ressemblent à une PV ou une TE : habituellement, une recherche de BCR ::ABL est effectuée dans toutes les NMP. Si elle est positive, il s’agit d’une LMC ; il n’y a jamais de mutation JAK2 dans la forme classique de LMC. Le diagnostic différentiel doit aussi être fait avec une myélofibrose primitive (MFP) à début hyperleucocytaire, comportant des anomalies des hématies, des plaquettes, une érythromyélémie et pas de chromosome Phi (faire une BOM si le myélogramme est d’aspiration difficile : fibrose ?)
- avec un syndrome myélodysplasique (SMD) : une LMC atypique peut ressembler à une leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC) proliférante, mais dans ce dernier cas, les monocytes sont > 1 G/L et > 10% des GB circulants, la myélémie est réduite, il n’y a pas de basophilie ni de chromosome Phi.