Génétique constitutionnelle postnatale – Eurofins Biomnis

La génétique « postnatale » s’intéresse à la santé de tous les individus « nés », par opposition à la génétique « prénatale ». Ainsi les adultes, enfants, nourrissons sont considérés au même titre que les nouveau-nés.

Analyses pangénomiques (recherche d’anomalies génétiques sur tout le génome)

Exome

Dans les maladies rares, de nouveaux moyens diagnostiques tels que le séquençage complet d’exome, améliorent la rapidité et l’efficacité du diagnostic.

Proposée au laboratoire Eurofins Biomnis depuis 2016, cette technique permet de séquencer simultanément les régions codantes des gènes, qui contiennent plus de 95 % des mutations connues à ce jour. Fort de son expérience, le laboratoire propose cet examen pour la recherche étiologique d’une déficience intellectuelle, de troubles neurodéveloppementaux ou de désordres syndromiques, pour les tableaux cliniques ne permettant pas de s’orienter vers une recherche d’anomalie d’un gène ou d’un panel de gènes (ou résultat négatif de ces premiers tests), ou encore lors d’atteinte d’organe (rein, cœur, …).

Les avantages de cette approche sont que tous les gènes sont étudiés simultanément et que l’interprétation des résultats peut être faite en intégrant les découvertes médicales les plus récentes et ce, dans les meilleurs délais

Analyse chromosomique par puce à ADN (CGH array)

En postnatal, l’étude chromosomique par puce à ADN (SNP-array) est recommandée en première intention dans l’exploration de troubles neurodéveloppementaux, de dysmorphie faciale ou de malformations. Cette technique d’étude des chromosomes, pangénomique, permet de détecter des déséquilibres chromosomiques de petite taille, difficiles ou impossibles à voir sur un caryotype, ou CNV (Copy Number Variation).

Le laboratoire Eurofins Biomnis est équipé d’une technologie de type SNP-array (Single Nucleotide Polymorphism), qui en plus de la détection de CNVs, permet la détection de régions de perte d’hétérozygotie (LOH).

Analyses ciblées (étude d’un gène ou d’une position génomique)

Dans certains cas, les éléments cliniques permettent au médecin prescripteur de s’orienter vers une étude génétique ciblée, sur un gène précis ou une position génomique définie.

Génétique liée à l’hématologie et à l’immunochimie

Plusieurs domaines de l’hématologie sont explorés par des techniques de génétique moléculaire.

En hémostase, ces techniques s’appliquent à l’étude des facteurs constitutionnels de prédisposition à la thrombose veineuse : mutation Leiden du facteur V, mutation G20210A du gène du facteur II et mutations de la MTHFR (c.677C>T et c.1298A>C).

La surcharge en fer héréditaire la plus fréquente, l’hémochromatose de type 1, liée au gène HFE, est diagnostiquée par la mise en évidence de la mutation majeure C282Y et des mutations mineures H63D et S65C.
Les typages HLA sont réalisés pour détecter des facteurs de risque associés à diverses maladies ; les associations les plus souvent recherchées sont : pour les allèles HLA de classe I, HLA B27/spondylarthrite ankylosante, HLA A29/rétinite birdshot, HLA B51/maladie de Behçet, HLA B57:01/hypersensibilité à l’abacavir ; pour les allèles HLA de classe II : HLA DQ2 et DQ8/maladie cœliaque.

Le gène SERPINA1 de l’alpha-1-antrypsine est exploré pour rechercher les mutations S et Z, car les génotypes ZZ et SZ sont responsables de concentrations basses de la protéine, associées à un emphysème ou une hépatopathie.

Pharmacogénétique

Les explorations de pharmacogénétique concernent l’oncologie et à la psychiatrie, dans le cadre d’une médecine personnalisée.

Les fluoropyrimidines (5-FU et capécitabine) sont des anticancéreux qui entrent dans la composition de près de 60 % des protocoles de chimiothérapie pour de nombreuses tumeurs (tube digestif, pancréas, sein…) ; mais ces molécules ont des effets toxiques non négligeables, dès les premières cures de chimiothérapie. Cette toxicité est liée à un déficit de l’enzyme de dégradation des fluoropyrimides : la DPD. La recherche du risque de toxicité des fluoropyrimidines utilise une approche multiparamétrique alliant explorations génotypique et phénotypique de la DPD. En outre, lorsqu’un risque de toxicité est détecté, un ajustement de la dose de fluoropyrimidine à utiliser est proposé.

Par ailleurs, la recherche d’un polymorphisme du gène UGT1A1 aide au diagnostic du syndrome de Gilbert et permet d’estimer le risque de toxicité de l’irinotécan, autre molécule anticancéreuse, dont le métabolisme met en jeu l’enzyme UGT1A1.

Le traitement de première ligne de la dépression repose, entre autres, sur les antidépresseurs. Or, pour de nombreux antidépresseurs, la diffusion dans le tissu cérébral, conditionnant leur efficacité, est sous la dépendance d’une protéine, la P-glycoprotéine (P-gp), codée par le gène ABCB1. Le génotypage d’ABCB1 permet d’identifier les différentes formes de la P-gp qui réduisent ou favorisent la traversée de la barrière hémato-encéphalique de nombreux antidépresseurs, permettant ainsi une adaptation de la stratégie thérapeutique.

Oncogénétique

En France, près de 5 % des cancers diagnostiqués sont liés à la présence d’altérations génétiques constitutionnelles. Les individus porteurs de ces altérations ont plus de risque de développer un cancer. L’identification de ce risque plus élevé permet de proposer un programme de dépistage, des mesures préventives et des traitements proactifs adaptés.

Les deux prédispositions génétiques les plus fréquemment recherchées sont le syndrome seins-ovaires et le syndrome de Lynch.

Infertilité

Dans le contexte d’une infertilité, peuvent être recherchés en plus de la prescription d’un caryotype :

  • pour les hommes, les mutations du gène de la mucoviscidose (CFTR) et une microdélétion du chromosome Y.
  • pour les femmes, une prémutation du gène FMR1 en cas d’insuffisance ovarienne prématurée (ménopause précoce).

Le séquençage de l’exome est également proposé dans ces indications.

Intolérance au lactose

L’intolérance primaire au lactose est liée à l’absence ou la diminution avec l’âge de l’activité de la lactase, enzyme de dégradation du lactose, codée par le gène LCT. L’exploration d’une intolérance au lactose recherche la présence de la mutation 13910 C>T située au niveau du promoteur du gène LCT, qui permet de maintenir avec l’âge, une activité lactase compatible avec la digestion du lactose.

Troubles neurologiques

Un syndrome de l’X-fragile peut être recherché en cas de retard mental chez l’enfant ou dans certaines pathologies neurologiques de l’adulte. Nous réalisons également les recherches de syndrome de Prader Willi et du syndrome d’Angelman.

Autre

En cas de signes cliniques évocateurs, nous pouvons réaliser la recherche de la Fièvre Méditerranéenne Familiale.

Vos experts Biomnis

Laure RAYMOND

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Document
B12 – Bon de demande : Génétique moléculaire
Document
B34 – Bon de demande : Exome
Document
B36 – Bon demande – Attestation – Consentement en vue d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne – Gène ABCB1
Document
B61 – Bon de demande : Caractérisation génétique des cardiomyopathies et troubles du rythme
Document
B67 – Bon de demande : Oncogénétique – Prédisposition héréditaire à la survenue de cancers
Document
D23 – Attestation-Consentement du patient
Document
K23-24B – Bon de demande : Evaluation du risque toxique aux fluoropyrimidines et Dosage de 5-fluorouracile
Document
R23 – Bon de demande : Etude du gène de la mucoviscidose
Document
R36 – Etude du gène de Fièvre Méditerranéenne Familiale
Le point sur
ABCB1 - Le test génétique pour optimiser le traitement de la dépression (DS45) le choix des antidépresseurs dans le traitement de la dépression (DS45-ABCB1)
Brochure destinée aux professionnels de santé
Le point sur
ABCB1 - Le test génétique pour optimiser le traitement de la dépression (DS74-PA) le choix des antidépresseurs dans le traitement de la dépression (DS74-PA-ABCB1)
Brochure destinée aux patients
Le point sur
Analyse chromosomique par Puce à ADN en SNP-array (DS21)
Le point sur
Cardiomyopathies et troubles du rythme (DS88)
L'apport de la génétique dans la prise en charge des patientes et de leurs familles
Le point sur
Le séquençage Whole Exome dans les maladies d’origine génétique (DS34)
Le point sur
Panels de gènes SPINK1, PRSS1, CTRC, CPA1, CFTR et CASR pour le diagnotsic des pancréatites héréditaires (DS82)

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